Sebagai bahan kimia, disinfektan memerlukan perhatian khusus pada lokasi penyimpanannya. Secara umum, disinfektan harus disimpan di tempat-yang berventilasi baik dan kering, jauh dari sinar matahari langsung dan akses anak-anak, seperti tempat sejuk dan kering seperti ruang penyimpanan, lemari, atau kotak. Selain itu, produk-produk tersebut harus dijauhkan dari makanan dan minuman untuk mencegah konsumsi atau penyalahgunaan yang tidak disengaja. Jika disinfektan berbentuk cair, sebaiknya disimpan dalam wadah tertutup untuk mencegah kebocoran. Saat menyimpannya, sebaiknya disimpan terpisah dari bahan kimia lainnya untuk menghindari kecelakaan.
