Penyimpanan disinfektan memerlukan perhatian pada beberapa aspek. Pertama, disinfektan harus disimpan di tempat yang kering, sejuk, dan-berventilasi baik. Suhu dan kelembapan yang tinggi dapat menyebabkan disinfektan terurai atau rusak, sehingga menurunkan kinerjanya. Pada suhu tinggi, beberapa komponen disinfektan dapat mengalami reaksi kimia, sehingga mengurangi efek bakterisidalnya secara signifikan; sedangkan kelembapan dapat menyebabkan disinfektan menyerap kelembapan, sehingga mempengaruhi stabilitas dan efektivitasnya. Kedua, sinar matahari langsung harus dihindari. Sinar ultraviolet pada sinar matahari dapat merusak komponen disinfektan sehingga mempercepat proses pembusukannya. Pada saat yang sama, persyaratan penyimpanan disinfektan harus diperhatikan, memperhatikan tanggal kadaluwarsa, dan menghindari penggunaan disinfektan yang kadaluwarsa. Disinfektan yang kadaluwarsa mungkin mengalami perubahan kinerja, gagal mencapai efek bakterisida yang diharapkan, dan bahkan mungkin menimbulkan efek buruk pada sistem. Selain itu, untuk beberapa disinfektan dengan sifat khusus, seperti disinfektan yang mudah terbakar, meledak, atau beracun, diperlukan tindakan penyimpanan khusus untuk menjamin keamanan lingkungan penyimpanan dan mencegah kecelakaan. Selama penyimpanan, disinfektan juga sebaiknya disimpan terpisah dari barang lain untuk menghindari saling campur tangan.
